Jurnal Harpodon Borneo memiliki frekuensi penerbitan 2 (Dua) kali setahun, yaitu periode bulan April dan Oktober, seluruh artikel yang dipublikasikan melalui  peer review process oleh Board of Editors dan Reviewers baik editor dan reviewer internal maupun eksternal.

Peer-Review Process dalam jurnal ini diawali dengan telah  berkaitan dengan ketepatan pemenuhan persyaratan Author Guidelines atau panduan penulisan artikel serta review journal template oleh Board of Editors atau Dewan Redaksi baik internal maupun eksternal. Editor yang telah memiliki rekam jejak bertugas secara seksama memeriksa dan memastikan bahwa artikel yang sedang ditelaah memenuhi Author Guideline dan Template Journal. Tahap selanjutnya editor bertugas memberikan hasil penilaian dengan mengisi formulir hasil penilaian/form penilaian. Proses selanjutnya,  tim editor kemudian bertugas mengembalikan artikel sesuai hasil telaah dari Board of Editor manakala artikel masih belum memenuhi Author Guideline maupun Template Journal untuk direvisi oleh penulis.

Dalam proses telaah oleh Editorial Team, juga dilakukan telaah berkaitan dengan pengecekan similarity dengan menggunakan Turnitin. Artikel yang telah memenuhi persyaratan proses review dari tim editor, kemudian dilanjutkan dengan proses review oleh reviewer. Editor bertugas mengirim artikel secara electronic kepada para reviewers baik reviewer internal maupun eksternal. 

Peer review process yang dilakukan oleh internal reviewer maupun external reviewer bertugas menelaah dan menilai substansi artikel, membantu penulis melalui komentar dan masukan-masukan baik yang berkaitan dengan state of arts maupun komponen substansi relevan lainnya.  Proses review dilaksanakan menggunakan single blind review dan secara bertahap menggunakan double blind review.  Proses review secara etika dilaksanakan untuk substansi artikel, kritik dan masukan dilakukan secara obyektif.  Reviewer menyajikan   pandangan serta  masukan secara jelas yang didukung oleh argumentasi  yang jelas. Kritik terhadap pribadi penulis merupakan tindakan yang tidak etis dan tidak pada tempatnya dilakukan oleh reviewer selama dalam proses me-review pada jurnal ini.

Reviewer bertugas secara detail  mengidentifikasi  relevansi dokumen hukum, konsep, teori maupun hasil studi relevan terdahulu yang digunakan penulis untuk mengkaji dan menganalisis. Reviewer juga bertugas mengidentifikasi  sumber-sumber bacaan atau hasil studi  relevan yang belum  dikutip oleh penulis.

Keseluruhan proses review dilakukan secara electronic. Setelah tahapan peer review process dari reviewers selesai, kemudian  Editor Jurnal bertugas untuk memutuskan artikel yang layak dipublikasikan, dengan mempertimbangkan hasil telaah awal dari tim editors, validitas artikel dari hasil reviewers, kemanfaatan maupun kontribusi substansi artikel dalam rangka pengembangan ilmu perikanan bagi peneliti, akademisi, maupun praktisi. Tahap akhir dari peer review process adalah accepted dan copyediting dan publikasi.