AMPLIFIKASI GENE mtDNA CO1 IKAN MALONG (MURAENESOCIDAE) DARI PERAIRAN KOTA TARAKAN DENGAN TEKNIK PCR

Abstract

Ikan Malong atau di Tarakan lebih dikenal dengan sebutan Ikan Ose merupakan ikan komersil yang tersebar secara luas di laut Indo-west pacific meliputi laut merah, teluk Persia, pantai barat India, dan sri langka hingga Fiji dan Tuvalu, bagian utara jepang dan korea, bagian selatan laut arafura, dan utara Australia. Di Indonesia Ikan Malong tersebar dari pulau Sumatra, Kalimantan, dan Sulawesi.  Dengan penyebaran yang begitu luas sayangnya informasi genetik ikan Ose masih sangat terbatas. Penelitian ini dilakukan untuk mengisolasi dan mengamplifikasi gen mtDNA CO1 ikan ose dari perairan Kota Tarakan. Metode penelitian yang dilakukan meliputi isolasi genom mtDNA CO1 dengan mengikuti petunjuk Quick-DNA Tissue/Insect Miniprep Kit (Zymo Research, D6016). Dilanjutkan dengan amplifikasi (perbanyakan) untai gen mtDNA CO1 menggunakan 4 primer cocktail berdasarkan Canadian Center for DNA Barcoding (CCDB), 2006. Kemudian visualisasi produk PCR dengan menggunakan teknik gel elektroforesis. Terdapat dua jenis ikan ose yang dijadikan sampel pada penelitian ini, yaitu Ikan ose dengan perut berwarna kuning (Ose Kuning/Ose-K) dan Ikan ose dengan perut berwarna hitam ( Ose Hitam/Ose-H). Hasil isolasi dan pemurnian genom mtDNA CO1 merujuk pada rasio A_260/280. Ekstrak gen mtDNA Ose-K memiliki konsentrasi 67.3 ng/µl dengan nilai rasio A_260/280 diperoleh 1.94, dan konsentrasi untuk ekstrak gen mtDNA sampel Ose-H diperoleh 84.5 ng/µl dan 1.97 untuk nilai rasio A_260/280. Hasil visualisasi produk PCR setelah di running pada gel elektroforesis diperoleh pita tunggal untuk masing-masing sampel dengan panjang basa sekitar 700 bp.

 

Kata kunci: gen mtDNA CO1, Ikan Ose, pita DNA, rasio A_260/280