Analisis sekuen mtDNA COI Pari Totol Biru yang didaratkan di Tempat Pendaratan Ikan Kota Tarakan

Abstract

Identifikasi spesies berbasis sekuen mtDNA COI telah diaplikasikan ke berbagai tujuan, termasuk untuk melindungi biodiversitas dan eksploitasi sumberdaya ikan yang berlebihan. Tujuan penelitian ini adalah untuk menganalisis kualitas sekuen gen mtDNA COI pari totol biru yang diperoleh dari tempat pendaratan ikan di Kota Tarakan. Hasil PCR mtDNA sampel diperoleh 456.1 ng/µL dengan rasio A_260/280 yaitu 1.93 dan pita tunggal dengan ukuran sekitar 700 bp. Proses sekuensing dilakukan dengan metode bi-directional sequencing. Hasil sekuensing tersebut dianalisis dengan menggunakan aplikasi sequence scanner v.2.0. dan diperoleh data persentase pure base kategori rendah (low) dan sedang (medium) melebihi 10% yang menjelaskan sekuen konsensus berkualitas rendah. Hasil ini berkorelasi dengan analisis BLAST yang menunjukkan perolehan parameter query cover hanya sebesar 23% saja. Meskipun nilai kemiripan sekuen sampel dengan Neotrygon kuhlii voucher BW-A2578 sebesar 98.28%, hasil ini memiliki validitas yang rendah karena tidak didukung dengan nilai query cover yang memadai.